1、水质污染
据悉，牛蛙养殖对水质要求较高，一般选在水的源头处养殖，牛蛙养殖户每隔1-3天就必须换一次水，牛蛙排泄物中含有氨氮、总磷等成分，造成水体严重富营养化。而病死牛蛙未经处理，随意弃置，也造成了河道生态环境污染。
2、食品污染
牛蛙体内存在霍乱弧菌等寄生病菌，可能导致食物型霍乱的流行和爆发。一些农户片面追求高密度养殖，为保证成活率，滥用乱用抗生素。这些抗生素随着尾水进入污水处理厂，将会杀死有益菌，不但降低污水处理效果，还对食品安全造成隐患。
3、物种污染
牛蛙属于外来入侵物种，已于2013年2月1日列入农业部发布的《国家重点管理外来入侵物种目录（第一批）》（第1897号公告）中。牛蛙成蛙会捕食其他蛙类，蝌蚪也会捕食其他原生蛙类的蝌蚪，牛蛙蝌蚪期可长达1-3年，所以对其他蛙类蝌蚪的影响相当大。