1、结构。水晶和翡翠在结构上有所区别，水晶为石英类晶体矿物，主要的成分为二氧化硅，看起来质地十分通透。翡翠是以辉石类矿物结合的晶石，内部含有长石、闪石以及烙铁矿等物质。
2、生长条件。翡翠和水晶的生长条件有所区别，水晶的形成条件与普通玉石相比更为苛刻，需要有稳定的生长空间和含有硅金的矿物。翡翠形成条件较为简单，主要是由地质内部的岩浆冷却风化后所形成的矿物。
3、颜色不同。水晶和翡翠的颜色也有所区别，水晶的颜色变化丰富多样，当内部不含有杂质时，呈透明状，颜色会随着内含物的不同而发生改变。翡翠是一种颜色十分鲜艳的玉石，常见的颜色有黑色、紫色、白色等颜色。