黄芩苦寒，能清肺胃、肝胆、大肠的湿热，可以用来治疗湿温或者暑湿初起，表现为身热不杨，胸脘痞闷，舌苔黄腻等症；亦可治疗湿热中阻，痞满呕吐以及湿热泻痢、湿热黄疸等病症。
清热
黄芩主入肺经，可以清肺热，为治疗肺热咳嗽的重要药物。此外，黄芩还能请气分实热，并有退热的功效，可用用来治疗外感热病，邪郁于内耳导致的高热烦渴、尿赤便秘等症。黄芩水煎剂醇沉液、黄芩苷、黄芩总黄酮等有明显的解热作用。
泻火解毒
黄芩有清热泻火解毒的作用，可以用来治疗痈肿疮毒，常和黄连、黄柏、栀子等配伍。
止血
黄芩炒炭后能能够清热泻火、凉血止血。可以用来治疗热迫血妄行所导致的吐血、衄血等，也可用于治疗血热便血、痔疮出血等症。
安胎
黄芩有清热安胎的功效，可以用来治疗妊娠期间胎热导致的胎动不安，常痛白术、当归等通用；亦可痛养血养胎的药用同用，治疗血虚有热的胎动不安等症。
抗菌
黄芩煎剂体外对金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、肺炎双球菌等革兰氏阳性菌及大肠杆菌、痢疾杆菌、绿脓杆菌等革兰氏阴性菌均有不同程度的抑制作用；黄芩煎剂、水浸出物体外对甲型流感病毒、乙肝病毒亦有抑制作用。
抗过敏
黄芩苷、黄芩苷元对急、慢性炎症均有抑制作用，并能够降低毛细血管的通透性，减少过敏介质的释放，具有明显的抗过敏作用。
黄芩的使用禁忌
黄芩较为苦寒，容易伤人脾胃，因此脾胃虚弱、大便溏泄的人群最好是不要使用黄芩。