吴茱萸辛散苦泄，性热祛寒，主入肝经，既散肝经之寒邪，又疏肝气之郁滞，为治肝寒气滞诸痛之主药。
1、与生姜、人参等同用，可以治厥阴头痛，干呕吐涎沫，苔白脉迟等；
2、常与小茴香、川楝子、木香等配伍，治寒疝腹痛；
3、与桂枝、当归、川芎等同用，可治冲任虚寒，瘀血阻滞之痛经；
4、与木瓜、苏叶、槟榔等配伍，治寒湿脚气肿痛，或上冲入腹。
散寒止痛
吴茱萸辛散苦泄，性热祛寒，善能散寒止痛，还能疏肝解郁，降逆止呕，兼能制酸止痛。
1、常与干姜、甘草同用，治霍乱心腹痛，呕吐不止；
2、与半夏、生姜等同用，可治外寒内侵、胃失和降之呕吐；
3、配伍黄连，可治肝郁化火，肝胃不和的胁痛口苦，呕吐吞酸。
温脾益肾
吴茱萸性味辛热，能温脾益肾，助阳止泻，为治脾肾阳虚，五更泄泻之常用药，多与补骨脂、肉豆蔻、五味子等同用，如四神丸（《校注妇人大全良方》）。
抗菌
吴茱萸醇提物对蛔虫有明显的作用，而用它的煎剂经过试验对霍乱弧菌有非常强的抑制功效，用吴茱萸的水浸剂还可以对絮状表皮癣菌和奥杜盎氏小芽胞癣菌等11种皮肤真菌有不同程度的作用。
调节神经系统
吴茱萸对中枢神经有兴奋作用，还有增加颈动脉血流量，它的醇提物有镇痛的功效，有一种吴茱萸提出生物碱还有镇静睡眠的作用。
吴茱萸的用药禁忌
1、吴茱萸有许多药用作用，但是要注意不是每一个人都可以服用。其中以阴虚火旺的人为主不能使用，例如《纲目》所言的走气、动火、昏目、发疮，脾胃虚弱冒暑的人都是不可以服用的。
2、《本草经集注》："蓼实为之使。恶丹参、消石、白垩，畏紫石英。"
3、《本草蒙筌》："肠虚泄者尤忌。"
4、《纲目》："走气，动火，昏目，发疮。"