1、犯罪主体不同。
前者是特殊主体，即只由国家工作人员构成；后者是公司、企业或其他单位中从事一定管理性职务的人员。对于国有公司、企业或其他单位的工作人员，或者国有单位委派到非国有单位依法从事公务的人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金或者借贷给他人的行为，应按挪用公款罪论处。对于受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托，管理经营国有财产的非国家工作人员，利用职务上的便利，挪用资金归个人使用构成犯罪的，应当依照挪用资金罪定罪处罚。
2、犯罪客体不同。
前者即侵犯国家工作人员的职务廉洁性，也侵犯公共财产的占有、使用、收益权；后者侵犯的客体是公司、企业或其他单位的财产权。可见，后者所侵害客体的范围，比前者广。
3、犯罪的对象不同。
前者既包括当然的公共财产，也包括拟定的公共财产以及接受委派的国家工作人员所在的非国有单位的资金。后者的犯罪对象，是公司、企业所有公共财产属性的公款，它既包括资金、有价证券，也包括特定款物。
4、刑罚不同。
根据我国《刑法》第384条的规定，犯挪用公款罪的，处5年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处5年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处10年以上有期徒刑，或者无期徒刑。而根据刑法典第272条的规定，犯挪用资金罪的，处3年以下有期徒刑或者拘役；挪用资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处3年以上10年以下有期徒刑。显然，前者比后者的刑罚更重。
一、挪用公款罪既遂与未遂的界定
挪用公款罪的未遂问题，包括两种情形：
1、由于行为人意志以外的原因，虽其已着手实施挪用公款犯罪行为，但尚未能将公款挪出。对此，一般不作为犯罪处理。
2、行为人已将公款挪出，但因其意志以外的原因而尚未使用，这种挪而未用的行为，实际上已经侵害公款的所有权，因此，应比照挪用公款罪既遂从轻或减轻处罚。