1.编制合并会计报表前，个别会计报表要按权益法调整长期投资。但因各公司的投资比例不同，有的可能采用成本法核算长期投资。不同的核算方法对合并会计报表有时会产生不同的结果。
应先按少数股东股权比例计算少数股东应计的损益，将计算出来的少数股东收益调整抵减集团公司汇总净利润，则不论采用何种方法核算集团内公司间的长期投资，合并会计报表的结果都是一样的。因为集团公司汇总净利润减去少数股东收益就是集团公司的合并净利润。即不论个别会计报表如何反映，合并时均要进行抵销调整，故最关键的是按少数股东权益比例准确计算少数股东应计的损益。
2.交叉持股情况下，长期投资与权益的抵销。编制合并会计报表时应如何抵销子公司对母公司的长期投资？《暂行规定》对此没有论及。按通常做法将子公司对母公司的长期投资与母公司的所有者权益相抵销，则会出现很奇怪的情形：抵销后的合并会计报表，实收资本(股本)项目只剩下母公司的实收资本数，股东列示为母公司股东。合并调整时可将子公司实收资本数调整转入资本公积，调整后合并会计报表所有者权益保持不变，而实收资本数就只反映母公司的实收资本，这样能更为清晰的反映集团公司中母公司为控股公司的实际情况。
3.子公司所有者权益为负数的情况下，长期投资与权益的抵销。子公司所有者权益为负数时，应如何抵销母、子公司之间的投资与权益？目前尚无正式的规定。根据股东对公司承担有限责任的规定，投资企业对被投资企业仅承担投资额以内的有限责任，采用权益法核算，长期投资账户只能降至零，不允许出现负数。故母公司在编制合并会计报表时，对子公司所有者权益负数部分，不能冲减集团公司所有者权益，而应在“其他长期负债”项目反映。但这种观点值得商榷。有限责任公司股东对公司仅承担投资额以内的有限责任，按权益法核算，长期投资账户余额只能降至零，不允许出现负数。这对投资企业的个别会计报表而言，无疑是合理的。
但在合并会计报表时，将集团公司合并会计报表合并范围内的所有企业当作一个整体来看的话，这样处理似乎不太合理。以所有者权益为负数的个别公司为例，若因为股东对公司仅承担有限责任，而将所有者权益负数部分放在负债反映，就会低估负债，高估权益，不符合谨慎性原则。而且这样处理，所有者权益为负数那部分亏损隐藏在负债里，资产负债表不能反映公司真实的资产状况，也不会出现所有者权益为负数的资产负债表，我们看到的只有所有者权益为正数或零的资产负债表。同样道理，当我们将集团公司作为一个整体来看待，同样不应将一部分亏损放在负债项目反映，以免低估负债，高估权益。
所以，在编制合并会计报表时，对子公司所有者权益负数部分，应冲减集团公司所有者权益，而不应放在负债项目反映，以真实反映集团公司的资产状况。将子公司所有者权益负数部分在合并会计报表的“未确认的投资损失”项目反映。这样处理似乎也不大合理。当我们将集团公司作为一个整体来看待时，所谓投资，应是指对集团外的投资，对集团内部应无所谓的投资，故合并会计报表对内部而言，不应有“未确认的投资损失”。
权益的再抵销
合并会计报表在母公司对子公司股权投资与子公司所有者权益抵销时，已经将子公司所有者权益全部抵销。目前规定需要将子公司提取的盈余公积再抵销回来，但并没有规定对资本公积是否应再抵销回来。若不将资本公积再抵销回来，则这部分资本公积合并在未分配利润项目反映，对集团公司合并会计报表反映的净资产并没有影响，但对合并会计报表使用者可能会产生误解。我国对资本公积和未分配利润的使用有不同的规定，资本公积是不允许分配的。有的集团公司内各企业的资本公积占所有者权益的比例相当大。
《民法典》第五百六十八条【债务法定抵销】当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。
当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。
第五百六十九条【债务约定抵销】当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经协商一致，也可以抵销。