工程营业税的税率是5.39%。由以下几种合计:1、营业税:按工程结算款计算缴纳营业税,税率3%。2、个人所得税:按工程结算款计算缴纳个人所得税,税率1%3、城建税:按营业税计算缴纳城建税,城建税税率:纳税人所在地在市区的,税率为7%;纳税人所在地在县城、镇的,税率为5%;纳税人所在地不在市区、县城、镇的,税率为1%。4、教育费附加:按营业税计算缴纳,税率3%。5、印花税:按建筑安装工程承包合同金额的0.3%0计算缴纳。
建筑施工企业是指从事房屋、构筑物和设备安装生产活动的独立生产经营单位。一般有建筑安装企业和自营施工单位两种形式。前者是行政上有独立组织,经济上实行独立核算的企业。大都称为建筑公司、安装公司、工程公司、工程局(处)等;后者是附属于现有生产企业、事业内部或行政单位的,为建造和修理本单位固定资产而自行组织的,并同时具备下述条件:(1)对内独立核算;(2)有固定组织和施工队伍;(3)全年施工在半年以上。 
根据建筑业企业资质管理规章,建筑施工企业应当按照其拥有的注册资本金、净资产、专业技术人员、技术装备和已完成的建筑工程业绩等取得相应等级的资质证书后,方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。
如果是一般纳税人提供建筑工程服务,采用一般计税方法的,按照9%税率征收增值税,可以抵扣进项税额。
如果是一般纳税人提供建筑工程服务,选择适用简易计税方法的,按照3%征收率征收增值税,不得抵扣进项税额。
如果是小规模纳税人提供建筑工程服务,按照3%征收率征收增值税。目前疫情期间,减按1%征收率征收增值税。
【法律依据】
《中华人民共和国税收征收管理法》
第二十五条纳税人必须依照法律、行政法规规章或者税务机关依照法律、行政法规的规章确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报,报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。