行政合同并不是民事合同，两者区别有：
第一，签订合同的目的不同，签订行政合同主要目的或占支配地位的目的是为了实施行政治理，产生、变更或消灭行政法律关系。
这里所说的实施行政治理，是指行政机关直接以合同作为实施行政治理的手段。而签订民事合同的目的通常是为实现个人或组织的利益，或者是为了产生、变更和消灭民事法律关系。如有关综合管理、计划生养、环境保护、城市建设拆迁补偿合平等协议。
第二，民事合同双方地位相同，而行政合同双方当事人的法律地位是不完全同等的，行政合同的不同等性表现在某些特殊情况下行政机关对签订合同具有强制性，行政主体具有单方面解除合同的权力，相对一方是不是按照合同的商定履行合同，假如违背合同划定，行政主体有权监视对方，行政主体拥有单方面的制裁权，相对方不按照合同办事的时候，行政机关可以根据法律的划定采取制裁措施。合同双方所处地位不同。
第三，判定某一合同是行政合同仍是民事合同，是看该合同是在形成、变更和消灭民事法律关系，签订合同的主体是不是行政主体，不能成为区分行政合同和民事合同的尺度，由于行政主体也可以同等的民事主体身份签订民事合同。
关键看它所涉及的是什么法律关系。行政合同内容涉及到行政法律关系，详细地说行为行政主体一方履行合同的主要方式是通过实施行政治理职权实现的，而对于非行政主体一方当事人来说，履行合同的主要方式是履行行政法上的义务。
此外，还要弄清晰行政合同与行政协议，行政合同与行政命令的区别。行政命令与行政合同的区别是行政命令是单方行政行为，而行政合同须双方意思表示一致。行政合同与行政协议的主要区别是行政协议的双方当事人都是行政主体，而行政合统一方当事人是行政主体。