一般变造国家机关证件罪的处罚是：判处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，判处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。本罪的主观方面是故意。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑法》第十四条
明知自己的行为会发生危害社会的结果，并且希望或者放任这种结果发生，因而构成犯罪的，是故意犯罪。
第二百八十条第一款
伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。