公司只交三险的赔偿方式如下：
1、劳动者可向劳动保障部门投诉，要求用人单位补缴未缴部分社会保险费；
2、若用人单位未足额缴纳社会保险费且未提供担保，社会保险费征收机构可申请人民法院扣押、查封、拍卖其财产，以抵缴社会保险费；
3、员工可要求用人单位赔偿因未缴纳五险一金而造成的损失。
三险的构成：
1、养老保险：为职工退休后提供基本生活保障的社会保险；
2、医疗保险：为职工提供基本医疗服务和保障的社会保险；
3、失业保险：为失业职工在一定时期内提供基本生活费用和就业服务的社会保险。
综上所述，当公司仅交纳三项社会保险时，员工可以通过向劳动保障部门投诉追缴未缴保险费，社会保险费征收机构有权通过法院强制执行措施保障费用的缴纳，同时员工还有权要求公司赔偿因未全额缴纳五险一金导致的个人损失。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第六十一条
社会保险费征收机构应当依法按时足额征收社会保险费，并将缴费情况定期告知用人单位和个人。
第六十二条
用人单位未按规定申报应当缴纳的社会保险费数额的，按照该单位上月缴费额的百分之一百一十确定应当缴纳数额；缴费单位补办申报手续后，由社会保险费征收机构按照规定结算。
《劳动保障监察条例》
第二十七条
用人单位向社会保险经办机构申报应缴纳的社会保险费数额时，瞒报工资总额或者职工人数的，由劳动保障行政部门责令改正，并处瞒报工资数额一倍以上三倍以下的罚款。