法律分析：1、发放年终奖的当月工资高于5000元时，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税，年终奖扣税方式为：年终奖×税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。全年一次性奖金，单独作为一个月计算时，除以12找税率，但计算税额时，速算扣除数只允许扣除一次。2、当月工资低于5000元时，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))×税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。但可以将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，作为应纳税所得额。其中“雇员当月工资薪金所得”以收入额扣除规定标准的免税所得(如按规定缴纳的社会保险和住房公积金等)后的数额。
法律依据：《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》 第二条 纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，并按以下计税办法,由扣缴义务人发放时代扣代缴：
(一)先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。
如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的
余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
(二)将雇员个人当月内取得的全年一次性奖金，按本条第(一)项确定的适用税率和速算扣除数计算征税，计算公式如下：
1.如果雇员当月工资薪金所得高于(或等于)税法规定的费用扣除额的，适用公式为：
应纳税额=雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数
2.如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的，适用公式为：应纳税额=(雇员当月取得全年一次性奖金-雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额)×适
用税率-速算扣除数
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