快递公司罚款是不合法的。罚款是行政处罚行为，公司不是行政机关，因此公司无权罚款。对于员工对公司造成损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
法律依据
《薪资支付暂行规章》第十五条
用人单位不得克扣劳动者薪资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者薪资：
用人单位代扣代缴的个人所得税；
用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
法律、法规规章可以从劳动者薪资中扣除的其他费用。
《薪资支付暂行规章》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的薪资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月薪资的20%。若扣除后的剩余薪资部分低于当地月最低薪资标准，则按最低薪资标准支付。
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