由施工总承包单位清偿农民工工资的情形包括分包单位拖欠农民工工资的、工程建设项目转包，拖欠农民工工资的等。
法律依据：
《保障农民工工资支付条例》 第三十条 分包单位对所招用农民工的实名制管理和工资支付负直接责任。施工总承包单位对分包单位劳动用工和工资发放等情况进行监督。分包单位拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法进行追偿。工程建设项目转包，拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法进行追偿。
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