有限责任公司股权回购程序如下：
1、有限责任公司回购股权涉及减少股东姓名、变更公司章程或公司减资事宜的，需要召开股东会，并经过三分之二以上表决权的股东表决通过，公司章程另有规定的依照公司章程处理；
2、自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。
有限责任公司回购股权后应当及时做出相应的变更登记处理，法律规定公司应当在发生回购事件后的十日内进行注销登记，对于不能注销的应当以转让的方式进行，如果在三个月内不能处理的则应当予以注销登记，注销后还应当进行重新验资，并进行工商注册登记备案。
法律依据：《中华人民共和国公司法》第七十三条
【股权转让的变更记载】依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。
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