法律分析：两个月工资合并在一起发放，这两个月的工资按每个月的当月收入来扣个人所得税，也可以按照年综合所得来扣个人所得税。
法律依据：《工资支付暂行规定》 第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
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